WWW.KNIGA.LIB-I.RU
БЕСПЛАТНАЯ  ИНТЕРНЕТ  БИБЛИОТЕКА - Онлайн материалы
 

«ИНСТИТУТ БЕЛКА РАН Директор – академик Л. П. Овчинников Направление 46. Структура и функции биомолекул и надмолекулярных комплексов Методом высокопроизводительного ...»

ИНСТИТУТ БЕЛКА РАН

Директор – академик Л. П. Овчинников

Направление 46. Структура и функции биомолекул и надмолекулярных комплексов

Методом высокопроизводительного трансгенеза плодовой мушки D.melanogaster кДНК

библиотекой, полученной на основе раковой ткани молочной железы человека, выявлен

ряд новых белков-потенциальных протоонкогенов (к.б.н. В.Л. Катанаев).

Определена структура тройственного комплекса архейного фактора инициации трансляции 2 с инициаторной тРНК (Met-tRNAi•aIF2D3•GTP) при разрешении 3.2 (д.б.н.

М.Б. Гарбер, д.б.н. С.В. Никонов).

Показано, что делеция аминокислотных остатков в петле 3-4 рибосомного белка L5 E. coli влияет на стабильность ассоциации рибосомных субчастиц и компактность рибосомы, что приводит к замедлению роста клеток и снижению эффективности работы их аппарата трансляции in vivo и in vitro (д.б.н. Г.М. Гонгадзе).

Показано in vivo, что рибосомный белок L30 необходим для эффективного функционирования рибосомы в клетках E. coli, не являясь обязательным для их выживания (д.б.н. Г.М.

Гонгадзе).

Показано, что при голодании клеток по сыворотке, при повышении плотности клеточной культуры и при ингибировании клеточного сигнального пути mTOR синтез белка YB-1 специфически подавляется (акад. Л. П. Овчинников).

Показано, что PABP стимулирует трансляцию полиаденилированной мРНК YB-1 с укороченной 3’НТО, в то время как трансляция полноразмерной мРНК или мРНК с заменой удаленного участка на неспецифическую последовательность не стимулируется (акад. Л.П.



Овчинников).

Показано, что в составе филамента жгутика галофильного археона Halobacterium salinarum флагеллины flaA1, flaA2, flaB2 распределены по всей его длине, а спиральный филамент жгутика H. salinarum является ассоциацией трех протофиламент, образуемых каждым из флагеллинов (д.б.н. О. В. Федоров).

Разработан простой метод точного картирования концов в молекулах ДНК, выделенных из фаговых частиц. С использованием этого метода определены концы ДНК у девяти Т5-подобных бактериофагов (к.б.н. В. Н. Ксензенко).

Определена полная нуклеотидная последовательность ДНК литического бактериофага tf, инфицирующего штамм PpG1 P. putida. Проведена детальная аннотация генома данного фага. Показано, что молекулы ДНК фага tf имеют разную структуру концов, а также содержат в одной из цепей локализованные одноцепочечные разрывы (к.б.н. В. Н. Ксензенко).

Получены фрагменты белка S1, содержащие разное число РНК-связывающих структурных мотивов. Показано, что фрагмент, содержащий первые два мотива, образует стабильный комплекс с кором Q-репликазы и стимулирует репликацию РНК-сателлитов бактериофага (RQ-РНК) и геномной РНК бактериофага Q как и полноразмерный белок S1 (чл.-корр. РАН А. Б. Четверин).

Направление 47 Молекулярная генетика, механизмы реализации генетической информации, биоинженерия Впервые исследована динамика формирования и активности белок-синтезирующих комплексов эукариот – полирибосом. Установлено несколько типов конформаций эукариотических полирибосом. Показана последовательная смена типов конформаций с сопутствующими изменениями трансляционной активности в ходе работы эукариотической полирибосомы, от ускорения («разгона») до затухания (акад. А. С. Спирин).

Обнаружено увеличение скорости инициации в процессе трансляции кэпированных и полиаденилированных мРНК в эукариотической бесклеточной системе. Показано, что этот эффект определяется взаимодействием 5' и 3' концов мРНК и зависит от длины 5'-НТО.





Полученные результаты свидетельствуют в пользу модели функциональной циклизации эукариотических мРНК (акад. А. С. Спирин).

Получены результаты, которые позволяют отвергнуть гипотезу о роли инвариантного N-концевого формилметионина, направляющего растущие полипептиды в рибосомный туннель (д.б.н. В. А. Колб).

Исследованы свойства химерных вариантов Q-фага, в которых белки E. coli заменены на их гомологи из T. thermophilus. Показано, что Q-репликаза, содержащая термофильный EF-Ts, является полностью функционально активной, причем ее температурный оптимум на 10°С выше, чем репликазы дикого типа (чл.-корр. РАН А. Б. Четверин).

Обнаружено, что кэпирование 5'- конца мРНК с поли(А)25 лидером ингибирует кэпнезависимую (eIF4F-независимую) инициацию трансляции (акад. А. С. Спирин).

Направление 48 Молекулярные механизмы клеточной дифференцировки, иммунитета и онкогенеза Показано, что YB-1 повышает устойчивость клеток NIH3T3 к ДНК-повреждающим атираковым препаратам в результате отщепления его С-концевой последовательности с сигналом цитоплазматического удержания, перехода укороченного белка в клеточное ядро, взаимодействия с поврежденными участками ДНК и стимуляции репарации повреждений в ДНК (акад. Л.П. Овчинников).

Получена эффективная модельная система для изучения транспорта белков in vitro. Установлено, что cистема из пермеабилизованных клеток и цитозоля HeLa обеспечивала транспорт в ядро как укороченной (1-219), так и полноразмерной (1- 324) формы белка YBили только укороченной формы, лишенной сигнала цитоплазматического удержания (акад. Л.П. Овчинников).

Направление 49 Клеточная биология. Теоретические основы клеточных технологий Получены культивируемые клетки, в которых динактин искусственно связан с центросомой через слитый с ним домен PACT из перицентрина. Показано, что в таких клетках центросома практически всегда является организатором радиальной системы клеточных микротрубочек, что доказывает определяющую роль динактина в этом процессе (д.б.н. Е.С.

Надеждина).

Создана компьютерная модель формирования в клетках стрессовых гранул, учитывающая возможность транспорта или диффузии компонентов стрессовых гранул по микротрубочкам. Показано, что наиболее эффективно формирование стрессовых гранул происходит, если соприкосновение компонентов стрессовых гранул не всегда приводит к их слиянию в одну структуру (д.б.н. Е.С. Надеждина).

Продемонстрировано, что при закислении среды культивирования клеток в них перестают образовываться РНП-содержащие стрессовые гранулы, а уже образованные гранулы теряют способность к разборке при снятии стрессового воздействия (д.б.н. Е.С. Надеждина).

Показано, что в двух сходных линиях культивируемых клеток, происходящих из почки зеленой мартышки - Vero и BS-C-1, аппарат Гольджи в резко различной степени вовлечен в организацию микротрубочек в интерфазе. Предположено, что это отличие обусловлено различной концентрацией белка CLASP в клетках и различной интенсивностью его привлечения на мембраны аппарата Гольджи (д.б.н. Е.С. Надеждина).

Направление 50 Биофизика. Радиобиология. Математические модели в биологии.

Биоинформатика Проведено моделирование сворачивания 84 белков с помощью метода Монте-Карло и динамического программирования. Продемонстрирована корреляция между экспериментальной скоростью сворачивания, некоторыми структурными параметрами и числом шагов на уровне 0,75 (д.ф.-м.н. О.В. Галзитская).

Построен сервер для предсказания неструктурированных остатков, основанный на модели Изинга (модели двух состояний, когда аминокислотный остаток может быть в свернутом или развернутом состояниях). Проведён анализ встречаемости гомоповторов и простых мотивов в 123 протеомах (д.ф.-м.н. О.В. Галзитская).

Выделен новый структурный подкласс (+)-белков состоящих из сильно скрученных

-листов, и одной или нескольких альфа-спиралей, упакованных на вогнутой поверхности

-листа. Белкам данного подкласса дано название «wrap-белки» (д.х.н. А. В. Ефимов).

Построены структурные деревья белков, содержащих S-образные бета-листы, Деревья включены в систему классификации PCBOST (д.х.н. А. В. Ефимов).

Показано, что гибридный белок "альбебетин-тиоредоксин" способен образовывать амилоидные агрегаты при температуре 37оС. Тиоредоксин при этом сохраняет свою структуру, а альбебетиновая составляющая отвечает за формирование амилоидов (чл.-корр. РАН А.В. Финкельштейн).

Разработано новое силовое поле PFFSol1.1 для вычисления взаимодействий молекул в неявном водном окружении (чл.-корр. РАН А.В. Финкельштейн).

Направление 51 Биотехнология Налажен метод получения нанодисков и их очистки гель-хроматографией. Проведены тестовые синтезы GPCR (бактериородопсина, а также NPY2R и ADRB2) в бактериальной бесклеточной системе трансляции в присутствии нанодисков. Успешная котрансляционная интеграция синтезированного белка в нанодиск показана в случае бактериородопсина (акад. А.С. Спирин, д.б.н. А.Г. Рязанов).

Разработан метод создания монослоя живых эукариотических клеток в толще гидрогеля (двумерный дисплей живых эукариотических клеток). Иммобилизованы клетки как адгезивного, так и суспензионного типа, причем все клетки остаются жизнеспособными и сохраняют способность к делению с образованием микроколоний. Метод может быть использован для высокопроизводительного скрининга и клонирования клеток во многих областях биологии и биотехнологии (чл.-корр. РАН А.Б. Четверин).

Основные публикации Alekhina O.M., Vassilenko K.S. Translation Initiation in Eukaryotes: Versatility of the Scanning Model //Biochemistry (Moscow). 2012. V. 77. P. 1465-1477.

Bilousov O.O., Kozeretska I.A., Katanaev V.L. Role of the gene miniature in Drosophila wing maturation // Genesis. 2012. V. 50. P. 525-533.

Eliseeva I.A., Ovchinnikov L.P., Lyabin D.N. Specific PABP effect on translation of YB-1 mRNA is neutralized by polyadenylation through a “mini-loop” at 3’ UTR. RNA // Biology. V. 9.

P. 1-15.

Evdokimova V., Tognon C.E., Benatar T., Yang W., Krutikov K., Pollak M., Poul H.B., Sorensen P.H.B., Seth A. IGFBP7 Binds to the IGF-1 Receptor and Blocks Its Activation by InsulinLike Growth Factors // Science Signaling. 2012. V. 5. P. 1-11.

Evdokimova V., Tognon C.E., Sorensen P.H. On translational regulation and EMT // 2012. Semin Cancer Biol. V. 22. P. 437-445.

Galzitskaya O.V. and Glyakina A.V. Nucleation-based prediction of the protein folding rate and its correlation with the folding nucleus size // Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 2012. V. 80. P. 2711-2727.

Glukhov A.S., Krutilina A.I., Shlyapnikov M.G., Severinov K., Lavysh D., Kochetkov V.V., McGrath J.W., de Leeuwe C., Shaburova O.V., Krylov V.N., Akulenko N.V., Kulakov L.A. // Genomic analysis of Pseudomonas putida phage tf with localized single-strand DNA interruptions. PLoS One. 2012. V. 7. e51163.

Gordeev A.A., Chetverina H.V., Chetverin A.B. Planar arrangement of eukaryotic cells in merged hydrogels combines the advantages of 3-D and 2-D cultures // Biotechniques. 2012. V. 52.

P. 325–331.

Gordeev A.B. and Efimov A.V. Modeling of folds and folding pathways for some protein families of (+)- and /- classes // J. Biomol Struct Dyn. 2013. V. 31. P. 4-16.

Guryanov S.G., Selivanova O.M., Nikulin A.D., Enin G.A., Kretov D.A., Serdyuk I.N., Ovchinnikov L.P. Formation of amyloid-like fibrils by Y-box binding protein 1 (YB-1) is mediated by its cold shock domain and modulated by disordered terminal domains // PLOS ONE. 2012. V. 7. e36969.

Ivashina T.V., Ksenzenko V.N. Exopolysaccharide biosynthesis in Rhizobium leguminosarum:

from genes to functions // In: The Complex World of Polysaccharides. 2012. D. N.

Karunaratne, ed. P. 99-126. ISBN: 978-953-51-0819-1, InTech.

Korepanov A.P., Korobeinikova A.V., Shestakov S.A., Garber M.B., Gongadze G.M. Protein L5 is crucial for in vivo assembly of the bacterial 50S ribosomal subunit central protuberance // Nucleic Acids Res. 2012. V. 40. P. 9153-9159.

Koval A, Katanaev V.L. Platforms for High-Throughput Screening of Wnt/Frizzled Antagonists // Drug Discovery Today. 2012. V. 17. P. 1316–1322.

Lobanov M.Yu. and Galzitskaya O.V. Occurrence of disordered patterns and homorepeats in eukaryotic and bacterial proteomes // Molecular BioSystems. 2012. V. 8. P. 327-337.

Lobanov M.Yu., Sokolovskiy I.V. and Galzitskaya O.V. IsUnstruct: Prediction of the Residue Status to Be Ordered or Disordered in the Protein Chain by a method based on the Ising model // J Biomol Struct Dyn. 2012.

Melnik B.S., Povarnitsyna T.V., Glukhov A.S., Melnik T.N,. Uversky V.N. Sarma RH SSstabilizing proteins rationally: Intrinsic disorder-based design of stabilizing disulphide bridges in GFP // J Biomol Struct Dyn. 2012. V. 29. P. 815-824.

Melnik T.N., Povarnitsyna T.V., Glukhov A.S., Melnik B.S. Multi-state proteins. Approach allowing experimental determination of the formation order of structure elements in the green fluorescent protein // PLoS One. 2012. V. 7. e48604.

Osterman I.A., Prokhorova I.V., Sysoev V.O., Boykova Y.V., Efremenkova O.V., Svetlov M.S., Kolb V.A., Bogdanov A.A., Sergiev P.V., Dontsova O.A. Attenuation-based dual-fluorescentprotein reporter for screening translation inhibitors // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 2012. V. 56. P. 1774-1783.

Pereyaslavets L.B., Finkelstein A.V. Development and testing of PFFSol1.1, a new polarizable atomic force field for calculation of molecular interactions in implicit water environment // J Phys Chem 2012. V. B116. P. 4646-4654.

Pestryakov P, Zharkov DO, Grin I, Fomina EE, Kim ER, Hamon L, Eliseeva IA, Petruseva IO, Curmi PA, Ovchinnikov LP, Lavrik OI. Effect of the multifunctional proteins RPA, YB-1, and XPC repair factor on AP site cleavage by DNA glycosylase NEIL1 // Journal of Molecular Recognition. 2012. V. 25. P. 224-233.

Pyatibratov M.G., Kostyukova A.S. New insights into the role of angiogenin in actin polymerization // Int. Rev. Cell Mol. Biol. 2012. V. 295. P. 175-198.

Stavrovskaya A, Stromskaya T, Rybalkina E, Moiseeva N, Vaiman A, Guryanov SG, Ovchinnikov LP, Guens G. YB-1 protein and multidrug resistance of tumor cells // Current Signal Transduction Therapy. 2012. V. 7. P. 237-246.

Tishchenko S., Gabdulkhakov A., Nevskaya N., Sarskikh A., Kostareva O., Nikonova E., Sycheva A., Moshkovskii S., Garber M. and Nikonov S. High-resolution crystal structure of the isolated ribosomal L1 stalk // Acta Cryst. 2012. V. D68. P. 1051-1057.

Гаврилова Л.П., Корпачева И.И., Семушина С.Г., Яшин В.А. Гипертермия индуцирует одновременно перестройки всех известных цитоскелетных филаментов в нормальных интерфазных фибробластах // 2012. Цитология. т. 54. с. 837-846.

Дерюшева Е.И., Селиванова О.М., Сердюк И.Н. Петли и повторы в белках как отпечатки молекулярной эволюции // Успехи биологической химии. т. 52. с. 177-202.

Коробейникова А.В., Гарбер М.Б., Гонгадзе Г.М. Рибосомные белки: структура, функция и эволюция // Биохимия. 2012. т. 77 с. 686-700.

Леонова Е.И., Баранов М.В., Галзитская О.В. Формирование пространственной структуры молекул РНК // Мол. биол. 2012. т. 46. с. 37-51.

Моисеева Н.И., Стромская Т.П., Рыбалкина Е.Ю., Вайман А.В., Малышкина М.А., Ким Е.Р., Елисеева И.А., Кулаковский И.В., Овчинников Л.П., Ставровская А.А. Влияние внеклеточного белка YB-1 на культивируемые клетки опухолей молочной железы // Биол. мембраны. 2012. т. 29. с. 340-348.

Саблина А. А., Чудинова Е. М., Надеждина Е. С., Иванов П. А. Стрессовые гранулы в клетках с интактными или разрушенными микротрубочками: анализ с помощью нового алгоритма обработки видеоизображений // Цитология. 2012. т. 54. с. 560–565 Селиванова О.М., Галзитская О.В. Структурный полиморфизм и возможные пути образования амилоидных фибрилл на примере белка инсулина // Биохимия. 2012. т. 11. с.

1478-1490.

Согорин Е.А, Широких Н.Э., Ибрагимова А.М., Васильев В.Д., Агаларов С.Ч., Спирин А.С.

Лидерные последовательности эукариотических мРНК могут быть связанными одновременно с инициирущей 80s рибосомой и 40s рибосомной субъединицей // Биохимия. 2012. т. 77. с. 437-441.

Суворина М.Ю., Сурин А.К., Довидченко Н.В., Лобанов М.Ю., Галзитская О.В. Сравнение экспериментальных и теоретических данных по водороднодейтериевому обмену для десяти глобулярных белков // Биохимия. 2012. т. 77. с. 758-766.

Чудинова Е.М., Надеждина Е.С., Иванов П.А. Клеточный ацидоз ингибирует образование, разборку и перемещения в цитоплазме стрессовых гранул // Биохимия. 2012. т. 77. с.

1526-1535.

Опубликовано 3 главы в монографиях, 1 учебник для студентов ВПО и 54 статьи, в

Похожие работы:

«Памятка участнику подпрограммы "Оказание содействия добровольному переселению в Орловскую область соотечественников, проживающих за рубежом" (2014–2020 годы) ТЕРРИТОРИЯ ВСЕЛЕНИЯ ОРЛОВСКАЯ ОБ...»

«2 1. ВИД ПРАКТИКИ, СПОСОБ И ФОРМА ЕЕ ПРОВЕДЕНИЯ Б2.У.1. Ботаника Шифр и наименование Учебная Вид Практика по получению первичных профессиональных умений и навыков Тип Стационарная Спос...»

«ОАО Мобильные Телесистемы Тел. 8-800-250-0890 www.mts.ru MAXI One Федеральный номер Авансовый метод расчетов Получайте баллы МТС Бонус и обменивайте их на бесплатные минуты, SMS и другие вознаграждения (1 балл = 3 рубля от начисле...»

«Итоги XVII Заочной Сибирской олимпиады по оригами (январь-апрель 2014) В олимпиаде приняли участие 244 оригамиста. Любители и знатоки оригами живут в разных концах нашей необъятной страны и в бл...»

«Страница 1 из 5 CODEX STAN 130-1981 СТАНДАРТ НА СУШЕНЫЕ АБРИКОСЫ CODEX STAN 130-1981 ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 1. Настоящией стандарт распространяется на сушеные плоды Armeniaca vulgaria Lam. (Prunus armeniaca L.), подвергнутые соответствующей технологической или иной обработке и предназначенные для конечного потребления. Стандарт так...»

«пространство, возможность оставаться неузнанным и неконтролируемым даже в толпе и сделать этот сегмент пространства максимально предсказуемым, прозрачным для себя. Исследовав и проанализировав эти и другие явления, с...»

«2 ОГЛАВЛЕНИЕ ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ..6 1. АНАЛИТИЧЕСКИЙ ОБЗОР..17 1.1. Теоретические исследования процессов разрыхления и очистки волокнистых материалов.18 1.2. Современные разрыхлители-очистители для волокнистых материалов..25 1.3. Инерционн...»








 
2017 www.kniga.lib-i.ru - «Бесплатная электронная библиотека - онлайн материалы»

Материалы этого сайта размещены для ознакомления, все права принадлежат их авторам.
Если Вы не согласны с тем, что Ваш материал размещён на этом сайте, пожалуйста, напишите нам, мы в течении 1-2 рабочих дней удалим его.